Verificar los campos que se van a eliminar, asumamos que los campos duplicados son columna1 y columna2
SELECT columnas FROM nombre_tabla a WHERE rowid > ( SELECT min(rowid) FROM nombre_tabla b WHERE b.columna1 = a.columna1 and b.columna2 = a.columna2 );
Cambiamos la sentencia SELECT por DELETE
DELETE FROM nombre_tabla a WHERE rowid > ( SELECT min(rowid) FROM nombre_tabla b WHERE b.columna1 = a.columna1 and b.columna2 = a.columna2 );
